在DEVONthink Personal版中，系統已經自動幫你建立了資料庫(有只能有一個而已，對大多數人來說，這已經足夠了)。但在Professional版以上，可以擁有多個資料庫，操作方式很簡單。
建立一個新資料庫
File->New Database，點擊之後會出現一個對話視窗。
- 可以自行選擇存放的位置，但系統建議不要放在雲端同步的資料夾中，因為可能會有同步一半斷線造成資料損毀的風險。
Create Spotlight Index是讓Spotlight可以找到資料庫的內容，很實用，建議開啟。假如這資料庫中，包含了機敏性的資料，不希望被搜尋到，也可以取消他，看您個人的需求而定。- 點
Create，就建立完成了一個新的空白資料庫。
資料庫屬性
點選File->Database Properties->Database Name就可以得到資料庫的屬性資料，如下圖所示。
這畫面可以看到資料庫內各種資料，比如有幾個Groups、HTML頁面有多少…等。這些資料都很直觀，就不詳述。針對裡面可以做修改的部份做個說明。
Exclude Groups from Tagging
一般而言，資料庫內的檔案，會依照Groups的方式來存放，但也可以用Tags的方式來存放。優點是可以將相近似的文件都放在一起，完全依照你的個人習慣來決定存放方式。原廠文件中沒有說明會不會影響效能，但一般而言效能差異應該不大。
Share Database
DEVONthink Pro Office版之後，可以建立Web Server，從遠端來存取資料。這選項是決定這資料庫是否可以在伺服器內被分享，若是機敏性資料，就建議不夕勾選。
Create Spotlight Index
如上面對Spotlight的敘述，若你在創建之後想要把它關掉，可以在這選擇。預設是開啟的。
Spotlight要Indexing資料庫，通常是有排程的，當資料輸入之後不會馬上被執行。可以按Rebuild來強制執行Spotlight Indexing的工作。
Read Only
若是資料庫內的東西已經封存，未來也不希望被變動，不論是輸入、刪除、或變更，可以勾這選項來處理。
Name
在側邊欄的資料庫名稱，與檔案名稱可以不相同。若希望變動檔案名稱，可以從上面的資料庫路徑，找到檔案存放位置，在關閉後修改。重啟DEVONthink之後會自動捉到資料庫，可以不用再重新Open。
Comments
對資料庫的內容簡述。
Protection
若希望做到資料庫加密，可以輸入User/Password來處理。如此在開啟DEVONthink時，會出現對話視窗要求你輸入帳號/密碼。如下圖:
DEVONthink在資料加密上其實只有做到開啟加密而已，用Finder一樣可以開啟資料內容。若要做到真正的加密功能，建議可以參考建立加密磁碟的方式進行。
- 開啟Mac的Disk Utility。
- 新增一個空白的磁區。
- 在新增磁區時選擇磁碟加密。
- 建立完成後把該資料庫檔案Copy到新的磁區。
- 再用DEVONthink開啟該資料庫。
透過以上的方式，才可以確保資料庫的安全性。
限制
以DEVONthink在資料庫上的限制來說，基本上就是沒有限制。
- 你可以無限建立資料庫。
- 資料庫內容可以無限新增(Evernote有單檔大小限制)。
- 資料庫檔案可以無限大。
上述三點只取決在你的硬碟有多大而已，一般而言，是不需要這麼多的資料庫啦。但是假如你想為專案建立專屬的資料存放位置，這提供了你無限的可能。
But…人生總是有這麼一個But…
搜尋功能只能搜到該資料庫(正在瀏覽)的資料，並不會對所有已經開啟的資料庫做搜尋，所以這應該算是多資料庫的一種限制吧。